Ils sont, en tant que tels, exclus de la brevetabilité par la loi française et la CBE. Toutefois, l'INPI et l'OEB délivrent des brevets sur des logiciels pourvu qu'ils contribuent à une invention technique et remplissent les autres conditions de brevetabilité.
La pratique des offices reste toutefois sujette à évolution, ainsi que celle des tribunaux chargés le cas échéant de se prononcer sur la brevetabilité d'un logiciel. Par ailleurs, les logiciels sont protégeables par le droit d'auteur.

Alors que le brevet permet de protéger les fonctions remplies par le logiciel, le droit d'auteur porte seulement sur les lignes de code du logiciel.